河南大学制定了较为完善的仪器设备管理和使用办法，实验室将参照学校的有关规定进行设备管理。目前可参考的办法包括：《仪器设备采购管理》、《河南大学仪器设备管理办法》、《河南大学低值耐用品管理办法》、《河南大学实验仪器设备维修管理暂行办法》、《河南大学仪器设备调剂报废处理办法》、《河南大学仪器设备损坏丢失处理暂行办法》、《河南大学仪器设备档案管理暂行办法》、《河南大学实验室建设项目立项管理办法》、《河南大学仪器设备招标投标管理办法（暂行）》等，针对大型仪器设备管理，参考《实验技术人员队伍建设与管理》、《河南大学大型精密仪器设备管理暂行办法》、《河南大学大型仪器设备对外开放使用管理办法》。
实验室所有的仪器设备与设施实行实验室统一管理，为实验室的科研工作服务，并按照学校的要求对校内外开放。总体上做到：仪器设备必须严格执行使用登记制度，记录仪器运行状况、用机时间；各种仪器设备必须有操作说明；大型仪器设备实行专人管理专人操作，使用者采取先预约登记，然后使用；仪器设备安全管理，确保实验室人员安全与设备安全。
实验室建立大型设备仪器管理制度。大型设备仪器指定由专人负责。实验室还根据每台仪器设备特点制定仪器设备使用说明、安全作业流程；各个设备仪器室、分析室均在显著位置张贴仪器设备介绍、使用规定、安全作业流程等，指定由实验员统一管理，定时检查维修，确保仪器设备的正常运转与安全。
