实验室按照教育部重点实验室管理的有关规定，积极贯彻开放、流动、联合、竞争的运行管理方针，营造严谨、务实的科研氛围，通过实验室管理工作的科学化、制度化、民主化与规范化实施，为从事黄河中下游资源环境领域研究的国内外专家学者提供良好的学术交流环境。
（1）实验室管理实行主任负责制。实验室设主任1名，副主任3名。实验室主任全面负责实验室发展规划、科学研究、学术交流、人才引进、条件建设、经费使用和研究生培养，并协调各研究方向之间的合作。副主任根据分工协助主任完成实验室具体工作。实验室下设行政办公室，协助主任处理实验室的日常行政管理、会议组织、文件档案管理、仪器设备管理等工作。
（2）积极探索实验室管理模式的创新。实验室按研究方向设置相应研究室，各研究室实行首席教授负责制。首席教授把握研究方向的研究内容，负责制定实施方案并组织实施。
（3）建立健全实验室规章制度。根据实验室运行的实际要求，进一步完善管理制度，对人、财、物、科研、教学及社会服务等进行全面管理。根据教育部、河南大学及实验室制定的管理制度，保证实验室各项工作的开展。
（4）充分发挥学术委员会的指导作用。实验室学术委员会决定实验室的研究方向、开放基金和重大科研项目。学术委员会由本领域国内外知名专家组成，每年至少召开一次会议，听取实验室主任汇报年度工作进展情况、科研进展报告及未来发展思路，讨论实验室的发展方向、发展规划和基金指南，审议开放基金开放课题的申请及执行情况，检查实验室建设的有关问题并提出建议。
